Avez vous du mal à réconcilier l'automatisation des laboratoires, la science et l'informatique ?

Écrit par Steven van Helden

Tout commence par une idée simple

Poussé par la science et l'impact que vous pourriez avoir sur l'amélioration de vos processus de R&D, vous vous lancez dans un petit projet d'automatisation sans trop réfléchir plus largement aux conséquences. Et voilà que vous vous retrouvez déboussolé dans le monde de l'automatisation des laboratoires !

Imaginez que vous ayez enfin dans votre laboratoire 2 appareils flambant neufs, reliés par un bras robotisé, pour automatiser vos analyses. Deux nouveaux instruments flambant neufs reliés par un bras robotisé pour effectuer vos analyses de manière automatisée. Bien sûr, vous avez anticipé et demandé au fournisseur de développer des flux de travail afin de pouvoir démarrer sur les chapeaux de roue. Tout le monde apprécie l'amélioration de l'efficacité dans le laboratoire, mais vous savez qu'il y a encore mieux à venir... Le volume des tests va augmenter grâce à cet investissement, vous aimeriez donc étendre encore davantage l'automatisation. Ne serait-il pas formidable que les fichiers de résultats générés par ces deux instruments soient automatiquement transférés vers le réseau du bureau afin qu'ils puissent être traités dans le LIMS de l'entreprise ? Et que les données de conclusion soient automatiquement chargées dans le référentiel central afin que tout le monde dans l'entreprise puisse facilement accéder à vos données ? Ce serait une belle prochaine étape !

Réfléchir aux prochaines étapes

Réseau informatique L'idée semble simple. Mais comment ces systèmes peuvent-ils communiquer entre eux ? Comment puis-je m'assurer qu'il n'y a pas de failles de sécurité dans ces connexions ? Y a-t-il d'autres systèmes dans l'entreprise qui pourraient être concernés ? Vous constatez que le projet ne s'arrête pas au seuil de votre porte. Il y a d'autres parties prenantes comme le service informatique. Qui sont donc ces autres parties prenantes ? Il y a tellement de types d’intervenants différents dans les équipes selon leur spécialisation (ex. gestion des données, informatique de recherche, infrastructure).

Base de données Si ces obstacles techniques et informatiques peuvent être surmontés, vous pouvez à nouveau vous concentrer sur les données scientifiques. Dans ces flux de travail automatisés, vous devez vous assurer que l'annotation se fait correctement afin que les utilisateurs des bases de données comprennent le type de données qu'ils examinent.

Bienvenue dans le domaine des données FAIR !

FAIR Étant donné la diversité et le contenu sans cesse croissants des données de recherche, il est essentiel que ces données soient trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables (FAIR). Vous réfléchissez donc maintenant à l'annotation de vos données et vous vous rendez compte qu'il serait bon de disposer d'un dictionnaire ou, mieux encore, d'une ontologie des types de données que vous souhaitez créer et stocker pour une utilisation future. Il s'agit là encore d'une idée simple, mais une brève discussion avec vos collègues du laboratoire montre que différentes terminologies sont utilisées et que chacun insiste sur le fait que la sienne est la bonne. Peut-être devrez-vous négocier ? Exploration de données

Après la “FAIRification” de vos données, vous êtes enfin prêt pour l’exploration, l’analyse et l'exploitation de vos précieuses données. C'est-à-dire après avoir choisi et installé un logiciel de data mining sophistiqué. C'est peut-être le bon moment pour vous lancer vous aussi dans l'IA ?

J'ai besoin d'aide !

C'est à ce stade que vous pouvez vous sentir dépassé. Ce qui n'était au départ qu'une simple idée d'amélioration se transforme en un projet sérieux impliquant plusieurs disciplines dont vous n'êtes pas expert. C'est là que wega peut devenir votre partenaire, inutile de réinventer la roue. Le groupe Recherche, données et gestion des connaissances de wega possède une expertise dans le processus décrit ci-dessus. Nous connaissons les processus métier et les éditeurs de logiciels qui pourraient vous intéresser. Et plus nous intervenons tôt, plus il est facile d'anticiper tous les obstacles que vous pourriez rencontrer sur votre chemin. Discutons donc de la manière dont nous pouvons travailler ensemble pour concrétiser votre idée (pas si) simple !